Dans Stalker : Shadow of Chernobyl, le joueur contrôle un Stalker qui s’est aventuré dans la Zone afin de rechercher des informations, des technologies et autres artefacts afin de les revendre, et éventuellement de mettre en place les pièces d’un puzzle qui pour l’instant reste obscur. Il devra éviter les dangers qui jalonnent sa progression, mais aussi l’armée qui considère en effet les Stalkers comme des voleurs, et justement il se trouve que les troupes en place et qui ont mis les lieux sous quarantaine, ne sont pas prêtes à discuter avec les intrus.

Au cœur de la Zone vous aurez détecté et évité certains phénomènes bizarres (des anomalies) qui habitent les lieux, éviter et éliminer divers types de mutants et un affrontement avec d’autres Stalkers serait même fortement envisageable.