Fidèle au monde de Warhammer, Warhammer : Mark of Chaos se concentre essentiellement sur le champ de bataille grâce à son système de combat en temps réel offrant au joueur un niveau de contrôle et de personnalisation d’armée dont il n'avait jamais bénéficié auparavant.

Suite à une brutale invasion du Chaos, les armées de l’Empire, du Chaos, des skavens et des hauts elfes se livrent une bataille sans merci à laquelle se mêlent d’autres races (orques, nains, comtes vampires et gobelins), sur un immense champ de bataille. Il est possible de contrôler chacune des armées et des races.