Formatage impossible

Bonjour,
Après plusieurs problèmes sur mon ordi, j'ai décidé de formater pour tout remettre à neuf, seulement voilà, c'est la première fois que je formate.
Etant novice, j'ai donc chercher sur internet la procédure à suivre pour formater mon ordinateur.
Ce dernier est partitionné, j'ai 3 partitions, une appelée C: contenant windows, une autre E: avec mes documents et mes logiciels et une dernière D: en cas de saturation sur le E:.
J'ai formaté le E: sans soucis, le D: également, mais pour le C: bien sur ça se corce.
J'ai mis mon CD windows en espérant avoir l'écran habituel demandant ce qu'il devait faire et tout et c'est là que se pose le problème.
Le CD analyse directement le disque D: et installe windows dessus, sans me demander mon avis.
Je me suis donc retrouvé avec deux windows.
Par ailleurs quand j'essaye de réinstaller windows via la session, il me dit que c'est impossible car je possède une version actuelle de windows plus récente que celle du CD. Je me demande donc si mon problème n'aurait pas un rapport.
Je vous remercie pour votre aide, car là, ça devient un vrai casse tête pour moi !!