Pour les fichiers run, cherche l'aide de la commande chmod je pense, je ne suis pas trés calé là dessus.
Dans synaptic tu as un boutons "options" parmi lesquelles trouver celle qui te permet le réglage des dépots.
Pour installer un programme issu d'archives, tu commences par les décompresser.Il y a toujours un README avec la procédure.
Il y a aussi un utilitaire pour ça sous Pclos si je me souviens bien, mais je ne peux pas vérifier ce soir, mon Pc/Pclos est dans la chambre de mes gamins....