comparaison de 2 entier dans un fichier avec c

salut
voici un code :mais le pb que j'ai un fichier de 35940 lignes et dans chaque ligne j'ai 2 chiffres séparé par un virgule et ce code peut lire au maximum 6300 lignes
je veus une solution

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>

#define CMAX 17 //nb colonne
#define LMAX 6300 //nb ligne
#define MAX_CHAR_PER_LINE 1650 //nb caractere par ligne (pas de probleme)
#define SEP "," //separateur entre les chifre
#define FICH "sortieF.txt" //fichier ou se trouve mes donnes


int main(int argc, char* argv[])
{
FILE *m_File, *p;
int i = 0;
int j;
float Tab[LMAX][CMAX];
char szbuff[MAX_CHAR_PER_LINE];
char* token;



// On initialise le tableau a -1
for(i=0;i<LMAX;i++)
{
for(j=0;j<CMAX;j++)
{
Tab[i][j] = -1;
}
}

// On réinitialise le compteur de ligne car i;a été incrémenté lors de l'iniatialisation
i = 0;

// On ouvre le fichier en lecture seule et en mode texte
m_File = fopen(FICH,"rt" );
//un autre fichier pour stoker le resulat
p=fopen("stockTab.txt","w" );

if(!m_File) return 1;

// On lit le fichier ligne a ligne et on stocke les valeurs dans un tableau d'entier
while(!feof(m_File) && i < LMAX)
{

j = 0;

// On récupere la ligne courante du fichier
fgets(szbuff,MAX_CHAR_PER_LINE,m_File);

// On decoupe la ligne selon le charactere de séparation SEP (" " )
// strtok() -> decoupage de chaine de caracteres
token = strtok(szbuff,SEP);

// On lit les éléments découpés un à un et on les stocke dans le tableau Tab
while(token != NULL && j < CMAX)
{
// On stocke la valeur lue dans le tableau
Tab[i][j] = atof(token);
// On lit l'element suivant retourner par strtok
token = strtok(NULL,SEP);
// On incremente le compteur des ordonnées
j++;
}

// On incrémente le compteur des abscisses
i++;
}


// On stoke le tableau dans un fichier

float n=0;
for(int x=0;x<i;x++)
{
for(int y=0;y<j;y++)
{
n=Tab[x][0]-Tab[x][1];
fprintf(p,"%0.6f\t",Tab[x][y]);
}

fprintf(p,"la difference est : %0.6f ",n);
fprintf(p,"\n" );
}
fclose(p);
return 0;

}