(Probablement inutile pour le problème original, certainement résolu depuis, mais ca peut servir pour les gens qui rencontrent le même problème par la suite...)
Sorti de l'API de la classe Process :
Citation :
The methods that create processes may not work well for special processes on certain native platforms, such as native windowing processes, daemon processes, Win16/DOS processes on Microsoft Windows, or shell scripts. The created subprocess does not have its own terminal or console. All its standard io (i.e. stdin, stdout, stderr) operations will be redirected to the parent process through three streams (getOutputStream(), getInputStream(), getErrorStream()). The parent process uses these streams to feed input to and get output from the subprocess. Because some native platforms only provide limited buffer size for standard input and output streams, failure to promptly write the input stream or read the output stream of the subprocess may cause the subprocess to block, and even deadlock.
En gros, la commande n'a pas son propre terminal et utilise des flots d'entrée et de sortie standard qui ne sont pas ceux de la console...
Une solution possible peut être trouvée à l'adresse suivante :
http://bugs.sun.com/bugdatabase/view_bug.do?bug_id=4057581