Dessin animé

Bonjour à tous.

Je souhaites réaliser des animations à la main, et je me demandais avec quel logiciel je pouvais faire un assemblage de tous ça ?
Je m'expliques.
Si je souhaites entammer ce travail à la main c'est pour des raisons purement esthétiques. Je ferais donc décors, animations de personnages, animations d'objets de façon séparées ( ou pas selon les scène )
Mais j'ai une grande question sans réponse, une fois que ça, c'est fait, comment combiner le tout ? Flash permet-il d'assembler différents éléments avec les calques sans pour autant vectoriser mes dessins ? Parce que ça je ne le veut pas, je veux garder le rendu papier sans vectorisation. Donc voilà, y a-t-il des logiciels gratuits spécialisé dans ce genre de montages ?