tu peux l'installer par dessus bien que la meilleure des solutions soit la désinstallation de ton ancienne version (sauvegardes les fichiers présents dans les répertoires temp et incoming si tu n'es pas sûr de toi et remets les après l'installation).
Emule est open source c'est à dire que son code est distribué librement, certains programmeurs le modifient de manière à lui ajouter des fobnctionnalités plus ou moins "enviables" (comme par exemple les versions d'Emule qui sont censées télécharger plus vite mais qui cachent un dialer dans leur code).
Je ne suis qu'un utilisateur occasionnel de la mule et je préfère rester sur la version originale.
Mais celà reste mon avis... ;-)