salut,
c'est parce que tu as coché la case "synchroniser ma bibliothèque itunes".
En fait ça ne va rien faire de mal, tout simplement en fait les applications que tu as téléchargé depuis iTunes sur le PC seront mises sur l'iPhone, et toutes les applications que tu as téléchargé directement depuis l'iPhone seront mise sur ton PC dans iTunes.
Un bon moyen de ne pas perdre les applications quand tu fais une restauration par exemple !