Les frames n'ont pas beaucoup d'adeptes, en intranet elles ne créent aucuns soucis vue que l'on sait exactement quels navigateurs vont être utilisés, de plus on ne fait pas de référencement, et il est vrai que celui ci est un peut plus complèxe avec des frames.
En ce qui concerne le fait que ça marches sous firefox et pas sous IE ce n'est pas normal parce que IE fonctionne normalement avec des frames. Maintenant tu n'as pas envie de refaire un menu pour chaques pages, il y a des moyens plus ou moins éfficaces de palier à cela ; Créer ton menu dans une div, la positionner dans ta page avec une feuille de style et ensuite ctrl+c ctrl+v sur chaques pages, ta feuille de style la (la balise div contenant ton menu) mettra à la place exacte que tu lui aura indiqué. Tu peux aussi faire une fonction javascript (sur une feuille séparée) qui crée ton menu sur un onload, comme ça tu n'as plus qu'à appeler ta fonction, en début de page, tu peux en faire de même avec un php. Et il y en a certainement plein d'autres. Mais sincèrement d'un point de vue purement visuel les frames ne sont pas un point positif pour un site, donc sincèrement songes à ne pas les utiliser.